Loading...
بازسازی منشا و انتشار بیماری سندرم حاد تنفسی (SARS) با MATLAB
در این بخش پروژه بازسازی منشا و انتشار بیماری سندرم حاد تنفسی (SARS) با نرم افزار MATLAB به همراه کامنت گذاری کدها آماده کرده ایم که در ادامه توضیحاتی از معرفی پروژه ارائه شده و فیلم و تصاویر خروجی پروژه در محیط متلب قرار داده شده است.
معرفی پروژه
این پروژه تجزیه و تحلیل منشا و انتشار اپیدمی SARS را نشان می دهد که بر اساس مباحث موجود در بخش گیاه شناسی ویروسی از فصل هفتم کتاب مقدمه ای بر ژنومیک محاسباتی (Introduction to Computational Genomics) ارائه شده و در محیط متلب همراه با کامنت گذاری کدها انجام شده است.
بیماری سندرم حاد تنفسی (SARS)
سندرم حاد تنفسی (SARS) یک نوع بیماری است که ناشی از نوع جدید ویروس کرونا (SARS-CoV) می باشد. ویروس سارس از 29571 آر ان ای (RNA) تک رشته ای پایه بلند تشکیل شده و پروتئین اسپایک خوشه ای مشخصی را نشان می دهد که شبیه تاج است. اولین موارد ابتلا به ویروس SARS در اواخر سال 2002 در استان گوانگدونگ چین ظاهر شد و در طی چند ماه (از ژانویه تا فوریه 2003) شیوع عمده ای پیدا کرد. اکثر افراد آلوده، این بیماری را در بیمارستان گوانجو دریافت کردند. پزشکی که در این بیمارستان کار کرده بود، در فوریه 2003 به هنگ کنگ سفر کرد و در هتل متروپل اقامت کرد. پزشک و تعدادی دیگر از مهمانان هتل به بیماری سارس آلوده شده و به کشورهای مختلف (ویتنام، کانادا، سنگاپور، تایوان) سفر کردند و از این طریق حامل بیماری و ویروس به این کشورها بوده اند.
تجزیه و تحلیل همه گیری ویروس SARS
با تجزیه و تحلیل روابط فیلوژنتیکی در برنامه متلب بین نمونه های SARS-CoV که در اواخر سال 2002 و در سال 2003 جمع آوری شد، میتوانیم تاریخچه اپیدمی SARS را بازسازی کنیم و بفهمیم که چگونه در مدت زمان کوتاهی در سراسر جهان گسترش یافته است. ما توالی نوکلئوتیدی 13 سویه ویروس کرونا SARS انسانی را در نظر می گیریم که محل و تاریخ جمع آوری آنها مشخص است. توالی ها با پروتئین سنبله S مطابقت دارند که وظیفه اتصال به گیرنده های خاص را بر عهده داشته و به عنوان یک تعیین کننده اصلی آنتی ژنیک در نظر گرفته می شود.
تصاویری از خروجی
هیچ نظری ثبت نشده است